Tras la bendición, la organista titular, Concepción Fernández Vivas, impartió un recital con piezas de Marchad, Sweelinck, Correa de Arauxo y Cabanilles, que datan de los siglos XVI y XVII. El colosal instrumento, considerado uno de los más importantes órganos barrocos de España, está situado a 17 metros de altura desde la tribuna (es decir, a la altura de un quinto piso), 8,5 metros de ancho y una profundidad de entre 2 y 3,20 metros.