Iñaki Gabilondo, de 83 años, está casado desde 1993 con la también periodista Lola Carretero y es padre de tres hijos, Iñaki (1970), Urko (1972) y Ainhoa (1974), nacidos durante su matrimonio con Maite Egaña, que murió de forma prematura. El mayor se dedica al mundo del derecho, mientras que el mediano ha seguido sus pasos en la información y la pequeña ha elegido el sector hotelero. Tiene tres nietas.