México no era una colonia de España; era España. En 1573, bajo el reinado de Felipe II, el cuarto Virrey de la Nueva España era Martín Enríquez de Almanza, y el tercer arzobispo de Ciudad de México, Pedro Moya de Contreras. La primera catedral, de la época de Hernán Cortés, se había quedado pequeña. Se demolió y se procedió a comenzar la construcción del nuevo templo catedralicio, que se pensó en un primer momento que fuese similar a la de Sevilla. La idea, sin embargo, hubo de abandonarse por su altísimo costo y por la inestabilidad del terreno.
Finalmente se decidió erigir siguiendo los patrones de las catedrales de Segovia o Salamanca. El arquitecto Claudio de Arciniega se basó en los estudios de Gil de Ontañón y Simón García para las iglesias de cinco naves.