Entre los problemas que afligían en aquel tiempo a Italia y a Roma había uno de particular importancia tanto en el ámbito civil como en el eclesial: la cuestión longobarda. A ella dedicó el Papa todas las energías posibles en orden a una solución verdaderamente pacificadora. A diferencia del emperador bizantino, que partía del presupuesto de que los longobardos eran sólo individuos burdos y depredadores a quienes había que derrotar o exterminar, san Gregorio veía a esta gente con ojos de buen pastor, con la intención de anunciarles la palabra de salvación, entablando con ellos relaciones de fraternidad con vistas a una futura paz fundada en el respeto recíproco y en la serena convivencia entre italianos, imperiales y longobardos. Se preocupó de la conversión de los pueblos jóvenes y de la nueva organización civil de Europa: los visigodos de España, los francos, los sajones, los inmigrantes en Bretaña y los longobardos fueron los destinatarios privilegiados de su misión evangelizadora. Ayer celebramos la memoria litúrgica de san Agustín de Canterbury, jefe de un grupo de monjes a los que san Gregorio encargó dirigirse a Bretaña para evangelizar Inglaterra.
Para obtener una paz efectiva en Roma y en Italia, el Papa se comprometió a fondo —era un verdadero pacificador—, emprendiendo una estrecha negociación con el rey longobardo Agilulfo. Esa negociación llevó a un período de tregua que duró cerca de tres años (598-601), tras los cuales, en el año 603, fue posible estipular un armisticio más estable. Este resultado positivo se logró, ente otras causas, gracias a los contactos paralelos que, entretanto, el Papa mantenía con la reina Teodolinda, que era una princesa bávara y, a diferencia de los jefes de los otros pueblos germanos, era católica, profundamente católica. Se conserva una serie de cartas del Papa san Gregorio a esta reina, en las que manifiesta su estima y su amistad hacia ella. Teodolinda consiguió, poco a poco, orientar al rey hacia el catolicismo, preparando así el camino a la paz.