Fue en 1556 cuando Carlos I de España y V de Alemania decidió retirarse a algún convento español, y eligió precisamente el de Yuste, donde pasó sus últimos dos años y donde finalmente murió. Las estancias del conjunto no eran lo suficientemente espaciosas para cobijar al Emperador y toda su corte, por lo que en esta época se llevó a cabo una gran ampliación del monasterio. El 3 de febrero de 1557, llegó por primera vez el monarca al que sería su último hogar, desde el Palacio de los Condes de Oropesa, en Jarandilla de la Vera, donde se estaba hospedando de manera temporal hasta que finalizasen las obras.